Το ιδρυτικό έγγραφο της εκκλησίας του Παντοκράτορα από τους μοναχούς της ομώνυμης μονής, συντάχθηκε το 1517 από τον συμβολαιογράφο Θεόδωρο Αυλωνίτη. Εκεί διαβάζουμε: «… η θεία χάρις του κυρίου ημών Ιησού Χριστού εφώτισεν και ηξίωσεν ημάς τους γεγραμμένους κτήτορας και αδελφούς του ειρημένου μοναστηριού και εκτίσαμεν αυτόν τον θείον και ιερόν ναόν του Παντοκράτορος εκ βάθρους και κόποις και εξόδοις ημάς εν το έτος αφιζ [1517] ημέρα πρώτη του αυγούστου μηνός ε΄ … και .. ξενώνα και κοινόβιον…»
Οι εικόνες του δωδεκάορτου, ζωγραφισμένες με την τεχνική της αυγοτέμπερας σε ξύλο με προετοιμασία, χρονολογούνται από τον 17ο αιώνα και έχουν αποδοθεί στον ζωγράφο Βίκτωρα, εκτός από την παράσταση της γέννησης και της ψηλάφησης του Θωμά. Η εικόνα της Υπαπαντής αποδίδεται στον Λέο Μόσκο.
Το 1919 η εκκλησία του Παντοκράτορα παραχωρήθηκε από τον μητροπολίτη Ζακύνθου Διονύσιο Πλέσσα για την στέγαση του Μουσείου Μεσαιωνικών και Βυζαντινών Αρχαιοτήτων.
Η εκκλησία του Παντοκράτορα στην σεισμοπυρκαγιά του 1953 γκρεμίστηκε αλλά δεν κάηκε, επειδή όμως δυστυχώς δεν ξαναχτίστηκε το τέμπλο της σήμερα σώζεται στο Μεταβυζαντινό Μουσείο.